Успех Бориса нельзя объяснить одним лишь родством с царской семьёй. В неустойчивой обстановке первых дней царствования влияние Фёдора на дела управления было ничтожным. Тридцатидвухлетнему Борису помогла прежде всего его политическая изворотливость. Годунов поспешил отвернуться от покровителя, сподвижника и свояка Бельского, как только понял, что дело того проиграно. Более важное значение имело для него покровительство земских бояр. А земщина не простила Годунову его опричного прошлого. Чем выше он возносился, тем острее чувствовал непрочность своего положения. Борис прекрасно понимал, что кончина Фёдора привела бы к быстрому крушению его карьеры, и лихорадочно искал выхода.

Фёдор обладал слабым здоровьем и ему предрекали короткую жизнь. В начале 1585 года Годунов направил несколько доверенных лиц в Вену и тайно предложил обсудить вопрос возведения австрийского принца на московский трон. Царь Фёдор выздоровел, а переговоры получили огласку. Фёдор был оскорблён до глубины души. Безоблачные до того отношения между родственниками омрачились. Судьба Годуновых, казалось, висела на волоске. Лагерь его сторонников таял на глазах. Причина неудачи Бориса не была тайной. Борис распустил «дворовую» охрану и тем самым лишился важного инструмента по поддержанию порядка. Он не мог эффективно контролировать положение в столице.  Поражение России в Ливонской войне и военное ослабление привело к тому, что крымцы возобновили набеги на Русь. Конфликт между Россией и Крымом благоприятствовал завоевательным планам её западных соседей. Летом 1589 года над страной нависла угроза вражеского (шведского) нашествия. Россия не располагала достаточными ресурсами, чтобы выдержать войну с вражеской коалицией. В связи с голодом 1588 года осложнилось положение в столице. Толпы нищих и бродяг заполнили городские улицы. Народ винил в своих бедах Бориса Годунова; по-прежнему олицетворявшего неправедную власть. К 1589 году голод в стране кончился, но положение в Москве оставалось тревожным. 1588-1589 года Москву будоражили слухи, крайне неблагоприятные для Бориса Годунова, которые были подхвачены и раздуты за рубежом. И не обладавший популярностью Борис стал мишенью всевозможных нападок.  Политика Годунова постоянно наталкивалась на глухое сопротивление в среде удельной и боярской знати. Раздор Бориса с боярами, недовольство «скудеющих» дворян и городские восстания вызвали политику, некоторыми чертами напоминавшую опричнину. Деятельность Бориса в самом деле приобрела отчетливый антибоярский характер.

Но столкновение со знатью все же не привело к повторению опричнины. Воспитанник Грозного смог одолеть бояр без новой опричнины. Еще он был обязан своим торжеством успехам политической централизации, достигнутой к концу ХVI столетия. Без поддержки окрепшего приказного аппарата Годунову едва ли удалось бы справиться со всплеском аристократической реакции. Своеобразие политического курса Годунова состояло в том, что он отказался от услуг привилегированного охранного корпуса и пытался найти прочную опору во всей массе дворянства.  У Годунова была податная политика. Казна стала освобождать от податей земляную запашку помещиков, несших военную служьу.  Налоговая политика Годунова носила отчетливый сословный характер. Мелкопоместные дворяне рассматривали предоставленные им посты как очень значительные. Необлагаемая боярская пашня гарантировала им пропитание и спасала от нищенской сумы, при неблагоприятной ситуации казны, освобождала от податей тем большие участки боярской пашни, чем большим поместьем владел дворянин. Таким образом, реформа податной системы принесла среднему дворянству еще большую выгоду, чем мелкому.  Итак, выбившись наверх.

Борис постарался забыть о своем скромном происхождении и не сразу пришел к продворянской ориентации. Поворот в его внутренней политике был ускорен раздорами с боярской аристократией и упадком дворянского ополчения. «Обеление» (освобождение) дворянских земель и подготовительные шаги к закрепощению крестьян показали, что формирование нового курса в основных чертах завершилась. Податная реформа имела исключительно важные социальные последствия. Она провела четкую грань между высшими, привилегированными сословиями феодальных землевладельцев и низшим, податным сословием зависимых крестьян.  Учреждение патриаршества Антифеодальные восстания, распри между боярами и полная недееспособность царя Фёдора ослабили самодержавную систему управления. Раздор между светской и духовной властями и низложение митрополита Дионисия усугубили кризис. Правительство стремилось сгладить противоречия и избежать новых столкновений с руководителями церкви. Обстановка острого социального кризиса требовало возрождение сильной церковной организации. В такой ситуации светская власть выступила с инициативой учреждения в России патриаршества.

 





Борису Годунову удалось возвести на митрополичью кафедру своего ставника Иова. Но новый митрополит не пользовался авторитетом и популярностью. После восшествия Иова на патриарший стол власти составили так называемую утверждённую грамоту о его избрании. Она заключала в себе указание на историческую роль русского государства как оплота вселенской православной церкви. «Москва - третий Рим» при всей своей претенциозности выражала преимущество стремление ликвидировать неполноправное положение Москвы по отношению к другим центрам православия. Учреждение патриаршества укрепило престиж русской церкви и отразило новое соотношение сил внутри вселенской православной иерархии.  Правительство Годунова продолжило внешнеполитический курс Грозного в балтийском вопросе. Но оно воздерживалось от активных действий в Прибалтике, пока существовала опасность союза Польши и Швеции. Как только эта опасность утратила реальный характер, Россия немедленно нанесла Швеции удар. Она намеревалась вернуть себе захваченные шведами русские земли, а главное, возродить «нарвское мореплавание».  В январе 1590 года русские полки заняли Ян, блокировали Копорье и продвинулись к Нарве. Руководство осадой вражеской крепости взял в свои руки Борис Годунов. Недоброжелатели тогда заподозрили его в предательстве. А на самом деле распоряжения Годунова под стенами Нарвы объяснялись не его симпатиями к неприятелю, а полным отсутствием боевого опыта. 19 февраля русские предприняли генеральный штурм.

Располагая громадным численным превосходством, они атаковали крепость разом в 7 пунктах. Положение шведов было таково, что стремительный натиск мог решить судьбу крепости в считанные часы. Но Борис, оказавшись во власти военной стихии с её неизменным спутником - риском, не чувствовал уверенности. Он предпочёл путь переговоров, надеясь склонить шведов к капитуляции. По условиям перемирия, заключенного под стенами Нарвы, шведы очистили захваченные ими ранее русские крепости Иван-город и Копорье. Россия вернула себе морское побережье между реками Нарвой и Невой. Но ей не удалось овладеть портом Нарвой и восстановить «нарвское мореплавание». Таким образом основная цель наступления не была настигнута. Шведский король Юхан III не желал признать своё поражение в войне с Россией и готовился к реваншу. Он заключил союз с Крымским ханством и целью вражеского вторжения стала Москва. Ранним утром 4 июля 1591 года татары по серпуховской дороге вышли к Москве и заняли Котлы. Русские полки расположились под Даниловым монастырём в подвижном укреплении - «гуляй-городе».

Днём произошёл бой, а ночью татары отступили. Как и при осаде Нарвы, Борис Годунов не проявил в войне с татарами ни решительности, ни энергии. Тем не менее вся слава после победы досталась ему. Столица и двор чествовали его как героя. Борис жаждал славы великого военачальника. Но шум похвал и награды никого не ввели в заблуждение. В обычных для того времени витиеватых выражениях современники писали о том, что Годунов «во брагих же неискусен бысть», «оруженосию же не искусен бысть».[2] Восточная политика Годунова ознаменовалась большими успехами.

Россия отразила нападение татар и укрепила безопасность своих южных рубежей. В короткое время выстроены были новые пограничные крепости: Воронеж (1585 год), Ливны (1586 год), Елец (1592 год), Белгород, Оскол, Курск (1596 год). Оборонительная линия оказалась отодвинутой на юг в «дикое поле». В правлении Бориса Годунова государство впервые смогло выделить крупные силы для систематического завоевания Сибири. Знаменитый поход Ермака послужил лишь начальным моментом великой сибирской эпопеи.