Деистическое мировоззрение Ломоносова с точки зрения официальной церкви было неверием; его научная деятельность была ересью, подкопом под основы церковного учения. Ломоносову приходилось выдерживать напор вражды церковников, позволявших себе в проповедях и нападки на науки, непосредственно задевавшие Ломоносова. Он в свою очередь резко враждебно относился к реакционным мракобесам в рясах и не скрывал своего отношения к ним. Его борьба с церковниками также нашла выражение и в его поэтической работе, конечно, в произведениях, вовсе не рассчитанных на печать. В 1756–1757 гг. Ломоносов дал бой церковникам: в это время стало известно его стихотворение «Гимн бороде». Это была целая ода навыворот, остро сатирическая, едкая и в то же время веселая, зло высмеивавшая «бородачей». В «Гимне» были даны защитные указания на то, что он, якобы, направлен против раскольников-старообрядцев; однако эти указания никого не могли обмануть; расправившись попутно со староверами, Ломоносов все жало своей сатирической песни направил против российского духовенства, против его невежества, корыстолюбия, вражды к знанию и науке. Особенно оскорбил церковников куплет, в котором Ломоносов так славит бороду:

О, прикраса золотая,
О, прикраса дорогая,
Мать дородства и умов,

Мать достатков и чинов,
Корень действий невозможных,
О, завеса мнений ложных!

Следовательно, Ломоносов объявлял церковное учение ложным мнением!
«Гимн бороде» распространялся в списках. Он стал известен синоду, и князья церкви пришли в ярость. Синод подал Елизавете Петровне целый доклад о нечестивом стихотворении и требовал сожжения «Гимна» через палача под виселицею, а для Ломоносова – отсылки его в синод для «жестокой казни».
Дело это грозило Ломоносову несчастьем, так как «кощунство» каралось в XVIII веке страшными карами. Но туча прошла мимо него, вероятно, не без вмешательства его покровителей, и прежде всего И.И. Шувалова: доклад синода не имел последствий. Между тем вокруг «Гимна бороде» возгорелась целая литературная битва. На Ломоносова напали его враги в бранных статейках и стихотворениях; эти памфлеты и пасквили вызвали в свою очередь ответы. Полемика была груба, полна брани и нападок на личности, но в ней выразилось то озлобление, которое накопилось и у Ломоносова с его сторонниками, и у реакционных церковников с их помощниками друг против друга. Между прочим, Ломоносов считал рьяным участником нападок на «Гимн бороде» Тредиаковского, подозревая его авторство в пасквильных письмах к нему, Ломоносову, и к профессорам Миллеру и Поповскому, ходивших с выдуманной подписью Зубницкого, а также в ругательной пародии на стихотворение Ломоносова под названием «Переодетая борода или гимн пьяной голове» . Однако Ломоносов ошибался. Под именем Зубницкого скрылся, скорей всего, архиепископ Сильвестр Кулябка, в которого, между прочим, метил и персонально Ломоносов в своем «Гимне». Автор «Переодетой бороды» нам неизвестен, но им не был Тредиаковский. Поэтому оскорбления, адресованные Тредиаковскому в стихотворении Ломоносова «Зубницкому», не были заслужены Тредиаковским*.
* См.: Перетц В.Н. К биографии Ломоносова (Кто был Христофор Зубницкий?)//Ломоносовский сборник Академии наук, 1911.

Как и сам «Гимн» Ломоносова, вся перебранка по его поводу не могла проникнуть в печать очень долго, до середины XIX века. Но современники, интересовавшиеся литературными делами, знали эту своеобразную подпольную поэзию и даже. прозу, ходившую в списках, достаточно хорошо.
На одного из иерархов, находившего, что риторика, которой так усердно занимался Ломоносов, – наука бесполезная, Ломоносов напал в эпиграмме (довольно обширной), в которой опять-таки обличал невежество духовенства; эпиграмма начиналась так:



 







Пахомий говорит, что для святого слова
Риторика ничто; лишь совесть будь готова.,
Ты будешь казнодей [т.е. проповедник], лишь только стань попом,
И стыд весь отложи. Однако, врешь, Пахом,
На что риторику совсем пренебрегаешь?
Ее лишь ты одну, и то худенько знаешь...

И кончалась следующим двустишием:

Нравоучением преславный Телемак
Стократ полезнее троих нескладных врак.

В эту же антицерковную линию поэтической работы Ломоносова включено и его превосходное маленькое стихотворение о Копернике и Птоломее («Случились вместе два астронома в пиру»). Дело в том, что церковь упорно отстаивала средневековое представление о том, что солнце ходит вокруг земли, объявляя обратную (гелиоцентрическую) теорию, уже прочно доказанную научно Коперником, нечестивой и еретической, идущей против Библии. Борьба за гелиоцентрическую теорию в России в XVII и в XVIII веках составляет любопытную страницу из истории обшей борьбы просвещения и передовой мысли с реакцией церковного толка, со средневековьем в сознании людей. Характерны в этом смысле цензурные мытарства кантемирова перевода «Разговоров о множестве миров» Фонтенеля. И вот, когда Ломоносову пришлось столкнуться с этим вопросом в его астрономическом исследовании «Явление Венеры на Солнце» (1761), он решил ударить по антинаучным, реакционным претензиям церкви; но он не считал нужным вступать с врагами системы Коперника в длительную научную дискуссию; он разделался с ними стихотворной шуткой, включенной в научную работу.

Как бы развернутым и вдохновенным поэтическим комментарием к стихотворению Ломоносова о Копернике и Птоломее является обширное отступление от темы в «Письме о пользе стекла» (написанном раньше), в котором поэт говорит о Прометее и об исконной борьбе науки с суеверами и мракобесами, пользовавшимися религией для нападения на знание. Изложив миф о Прометее, Ломоносов высказывает здесь предположение, не заключено ли в этом мифе смутное воспоминание о трагической судьбе великого испытателя природы, угнетенного языческими суеверами.

Далее Ломоносов повествует о том, как греческий астроном III века Аристарх, высказавший мысль, что земля вращается вокруг своей оси и вокруг солнца, был объявлен нечестивцем философом Клеантом. Говоря здесь же о языческих жрецах, из корыстных целей стремящихся держать народы в невежестве, Ломоносов имеет в виду христианских мракобесов-церковников.